Według przekazywanej w Duczyminie i okolicach legendy sięgającej XII wieku, na topoli przylegającej do cmentarza kościelnego objawiła się Matka Boża. Namalowano wówczas obraz Najświętszej Maryi Panny Dzieciątkiem, a później wzniesiono kościół. Pierwszy drewniany kościół w Duczyminie wybudowali w 1496 r. bracia Jan i Alfons Duczymińscy herbu Rogala. Tak powstała duczymińska parafia, której patronuje św. Jan Nepomucen. Kościół został spalony przez Szwedów w czasie najazdu na Polskę w roku 1655 lub 1656. Kolejną świątynię w Duczyminie wybudowano dopiero w 1717 r. dzięki Aleksandrowi Zbrożkowi, ciechanowskiemu pułkownikowi. Niestety, po kilkudziesięciu latach użytkowania obiekt uległ zniszczeniu, co skutkowano wystawieniem kolejnego kościoła pod koniec XVIII w. za sprawą rodziny Zielińskich z Kozniewa Wielkiego. Po kilku dziesięcioleciach, w 1836 r. świątynię dosięgło kolejne nieszczęście – spłonęła. Podczas pożaru duczymińskiej świątyni udało się uratować cudowny obraz, który przez pewien czas przebywał u jednego z miejscowych gospodarzy, a później znalazł się w rękach Tomasza Kobylińskiego z Pułtuska. Przez ok. 50 lat parafianom służyła prowizoryczna kaplica, aż wreszcie w 1888 r. oddano do użytku murowany kościół, który zachował się do dziś i został wpisany do rejestru zabytków. Jego powstanie zawdzięczamy dziedzicowi wsi, Antoniemu Zielińskiemu. Wówczas jeden z parafian Franciszek Ksawery Mieczkowski podjął starania, by obraz z ołtarza głównego powrócił na swoje miejsce. Akt przekazania obrazu został spisany 30 sierpnia 1900 r. w kancelarii parafialnej w Pułtusku. Obraz wrócił do głównego ołtarza duczymińskiej świątyni, znów zawisły przy nim wota (również te najstarsze - XVII w. - pieczołowicie przechowane). Obraz, przechowywany w kościele w głównym ołtarzu, w uroczystość odpustową 15 sierpnia do dnia dzisiejszego gromadzi tysiące wiernych, którzy pielgrzymują do sanktuarium z okolicznych parafii.